Halverwege de jaren 1920 arriveert Newt Scamander, een Britse jonge activistische tovenaar, in de stad met een mysterieuze leren koffer die onderdak biedt aan diverse en magische wezens die onder ons bestaan. Te midden van een toch al fragiel evenwicht van geheimhouding en de toenemende rampen die worden toegeschreven aan de duistere tovenaar, Gellert Grindelwald, wordt de kostbare koffer van Newt vermist, en tot overmaat van ramp slagen verschillende wezens erin te ontsnappen. Al snel trekt deze onvoorziene complicatie de aandacht van Senior Schouwer Percival Graves, die het op Newt heeft gemunt, tegen de achtergrond van een onzichtbare, verwoestende en volkomen onvoorspelbare dreiging die nog steeds grote schade aanricht op 5th Avenue. Zit er uiteindelijk een verborgen agenda achter de bedoelingen van Graves? Bovendien, wat gebeurt er met de resterende fantastische beesten die nog steeds vrij rondlopen?