Au milieu des années 1920 à New York, Newt Scamander, un jeune sorcier activiste britannique, arrive dans la ville, tenant une mystérieuse valise en cuir qui abrite des créatures diverses et magiques qui existent parmi nous. Au milieu d'un équilibre déjà fragile du secret et des catastrophes croissantes attribuées au sorcier noir, Gellert Grindelwald, la précieuse valise de Newt disparaît, et pour aggraver les choses, plusieurs créatures parviennent à s'échapper. Avant longtemps, cette complication imprévue attire l'attention de l'auror principal Percival Graves qui cible Newt, dans le contexte d'une menace invisible, dévastatrice et totalement imprévisible qui fait encore des ravages sur la 5e Avenue. Au final, y a-t-il un agenda caché derrière les intentions de Graves ? De plus, qu'adviendra-t-il des bêtes fantastiques restantes qui sont toujours en liberté ?